No idejas līdz muzejam Domu par Izglītības muzeja izveidi Latvijā 20.gs 70.gados izvirzīja LPSR Izglītības ministre Mirdza Kārkliņa un K.Bartela Rīgas 39. vidusskolas direktore Irēna Bitlere. Tomēr telpas netika atrastas un ideja nerealizējās.
Gatavojoties Rīgas 800 gadu jubilejai 2001.gadā, Latvijas Skolu muzeju asociācija (Z.Soboļeva, A.E.Zumente, A.Staris) uzaicināja sadraudzības pilsētas Brēmenes Skolu vēstures muzeju eksponēt daļu krājuma Rīgā. Izstāde tika iekārtota Bērnu un jauniešu centrā “Rīgas Skolēnu pils” K.Barona ielā 99. Gatavošanās izstādei kalpoja arī kā pamudinājums idejas realizēšanai – Rīgas Domes Izglītības, jaunatnes lietu un sporta komitejas (priekšsēdētājs G.Jirgensons) 2001.gada 24.maija sēdē tika pieņemts lēmums dibināt Rīgas Skolu muzeju. 2002.gada 2.janvāris kļuva par oficiālo Rīgas Skolu muzeja darbības sākumu.
Muzeja veidotāji
Par muzeja vadītāju tika aicināta A.E.Zumente, kura kopā ar muzeju speciālistiem A.Gailišu, I. Bulli, Z.Soboļevu, dr.hist. A.Stari u.c., kā arī mākslinieku J.K.Krievu, saņemot atbalstu no Skolēnu pils direktora J.Bogdānova, uzsāka koncepcijas izstrādi, materiālu vākšanu un ekspozīcijas veidošanu. Muzeja tapšana
2002.gadā māksliniece Baiba Lazdiņa izveidoja muzeja emblēmu un veidlapu;
2003.gadā notika DPI profesores L.Timoščenko ābeču izstāde Rīgas Skolu muzejā;
2003.gada pavasaris – 2004.g. muzeja telpās tika veikts kapitālais remonts;
2003.gada jūlijā muzeja pārstāvju dalība Starptautiskajā Skolu muzeju simpozijā Brēmenē, Vācijā;
2004.gada 15.jūlijā atklāta ekspozīcija „Izglītība Rīgā XIII – XVII gs.un Domskolas klase” ;
2005. gada 16.jūnijā atklāta ekspozīcija „Izglītība Rīgā XVIII – XX gs.sāk.”;
2005.gada jūlijā muzeja pārstāvju dalība Starptautiskajā Skolu muzeju simpozijā Amrisvilā, Šveicē;
2006.gada 22.jūnijā atklāts J.Siliņa un J.Grestes memoriāls;
2007.gada jūlijā muzeja pārstāvju dalība Starptautiskajā Skolu muzeju simpozijā Bergenā, Norvēģijā;
2008.gada12.februārī atklāti pirmā skolu muzeja darba turpinātāja – pedagoģiskās literatūras izdevniecības „Raka” stendi;
2008.gada12.novembrī notika RSM organizētā konkursa „Kas pagātni pētī, tas nākotni svētī” darbu izstāde Dzelzceļa muzejā;
2009.gada 1.jūlijā par Rīgas Skolu muzeja vadītāju tika iecelts Jāzeps Imants Vikšers;
2009.gada 10.novembrī dalība izstādes „Rīgas Skolu muzejam – 90” atklāšanā Latvijas Dabas muzejā;
2010.gada novembrī pieredzes apmaiņa Brēmenes Skolu muzejā, Vācijā;
2010.gada 6.decembrī atklāta izstāde „20.gadsimts Ziemassvētku un Jaungada pastkartēs”, kurā bija apskatāmas vairāk kā 400 pastkartes;
2010.gada 20.decembrī notika „20.gadsimta eglītes iededzināšana”;
2011.gada 25.februārī atklāta pastāvīgā izstāde „Rīgas Skolēnu pilij – 70”;
2011.gada 19.maijā atklāta LVVA un RSM kopējā virtuālā izstāde „Rīgas Pionieru un Skolēnu pils. Dokumenti un fotogrāfijas.”;
2011.gada 2.-3.decembrī dalība Starptautiskās konferences „Rīgas Domskola un izglītības pirmsākumi Baltijā” sagatavošanā un darbā;
2012.gada jūlijā pieredzes apmaiņas brauciens uz Vācijas un Šveices skolu muzejiem;
2013.gada 9.maijā RSM un Leipcigas Skolu muzeja izstādes „Ģimene pasaules tautu ābecēs” atklāšana;
2013.gada jūnijā muzeja pārstāvju dalība Starptautiskajā Skolu muzeju simpozijā Ļubļanā, Slovēnijā.
2013.gada novembrī tiks atklāta muzeja ekspozīcija „Izglītība Rīgā 1918.-2000.g.”