Ēka Krišjāņa Barona ielā 99 celta eklektisma stilā 1880.gadā pēc garīgā resora arhitekta Dmitrija Ļušina (1.2.1846 – 10.5.1891) projekta kā Rīgas pareizticīgā garīgā skola. Projekta izstrādei 1878. un 1879.gados tika rīkoti konkursi, kuros piedalījies arī daudzu Latvijas pareizticīgo būvju arhitekts J.F.Baumanis, tomēr viņa projekti tika noraidīti. Pēc ēkas uzcelšanas tajā atradās Rīgas pareizticīgā garīgā skola (Рижское духовное училище). Tajā sagatavoja zemākā ranga pareizticīgās baznīcas kalpotājus, kuriem pēc skolas beigšanas bija tiesības iestāties Garīgajā seminārā. Sākoties I Pasaules karam, 1915.gada 20.jūlijā skola tika evakuēta uz Pleskavu, bet jau 5.septembrī – uz Ņižņijnovgorodu.
Kad 1918. gada 18. novembrī tika proklamēta Latvijas Republika, par vienu no galvenajiem uzdevumiem kļuva Latvijas armijas izveide. 1919. gada 13. septembrī saskaņā ar Latvijas armijas virspavēlnieka ģenerāļa Dāvida Sīmansona pavēli tika dibināta Kara skola, kas izvietojās Krišjāņa Barona ielā 99, bijušās pareizticīgo garīgās skolas telpās. Par tās komandieri tika iecelts kapteinis Rūdolfs Klinsons. Mācības tika uzsāktas 3. oktobrī, bet Bermonta karaspēka uzbrukuma dēļ tās pārtrauca un Kara skolu nosūtīja uz fronti.
Beidzoties cīņām pret Bermontu, Kara skola 30. novembrī atgriezās Rīgā, lai atsāktu pārtrauktās apmācības. Pēc grūta pārgājiena no Jelgavas vakariņās nekā cita nebija ko likt galdā – vienīgi melna kafija, marmelāde un rupjmaize. Tā dzima tradīcija – Melnās kafijas vakars, kas tika ievērota visu Kara skolas pastāvēšanas laiku. Pēc Latvijas Republikas atjaunošanas tradīciju turpina Nacionālā aizsardzības akadēmija. 1919. gada 1. decembrī Kara skolā tika atsāktas mācības un šis datums tika pasludināts par Kara skolas oficiālo dibināšanas dienu.
Kara skola darbojās līdz 1940. gada rudenim, kad padomju okupācija izbeidza virsnieku sagatavošanu Latvijas armijai. No 1920. līdz 1940. gadam Kara skolai bija 14 izlaidumi un to beidza 1634 virsnieki. Kara skolā tika sagatavoti arī 429 rezerves virsnieki un aptuveni 900 virsniekvietnieki.
Pēc 1940.gada ēku izmantojušas dažādas iestādes. No 1968. līdz 1994.gadam ēkā atradās Latvijas celtniecības zinātniskās un eksperimentālās tehnoloģijas institūts.
1994.gadā Bērnu un jauniešu centram „Rīgas Skolēnu pils” nācās atbrīvot kopš 1941.gada izmantotās telpas Rīgas pilī un pārcelties uz ēku K.Barona ielā 99, veicot telpu pārbūvi, remontu un pielāgošanu ap 150 pulciņu un kolektīvu (ap 3500 audzēkņu) vajadzībām.
2001.gada 2.maijā Rīgas domes Izglītības jaunatnes un sporta departaments pieņēma lēmumu par Rīgas Skolu muzeja dibināšanu, bet muzeju atklāja 2002.gada 9.janvārī Rīgas Skolēnu pils ēkas kreisajā spārnā.
